Het programmabureau Nationale Wetenschapsagenda is ondergebracht bij NWO, die het subsidieprogramma uitvoert. De programmacommissie stelt vast welke aanvragers in de eerste NWA-ronde het advies krijgen hun vooraanmelding uit te werken.

Voor de beoordeling van die subsidieaanvragen zijn beoordelingscommissie samengesteld. De samenstelling daarvan wordt om privacyredenen niet bekendgemaakt.

De Kenniscoalitie, verantwoordelijk voor het opstellen van de Nationale Wetenschapsagenda, fungeert in deze uitvoeringsfase als raad van advies.